توجد معوقات عديدة أمام إنتشار الصيدلة الإكلينيكية و لكن التغيير ممكن و ضروري.
و تتلخص المعوقات فيما يلي:
- تخوف الكثير من الأطباء من تنامي دور الصيدلي فيما يشكل( من وجهة نظرهم) خطر علي دورهم و تقليل من أهميتهم.
- عدم معرفة الجهة الإدارية و متخذي القرار بالدور الفعال الذي يمكن أن يلعبه الصيدلي الإكلينيكي في العملية العلاجية و مدي الإضافة التي يمكن أن يحققها للفريق الطبي.
- عدم وجود لوائح و قوانين تتيح للصيدلي تولي هذا الدور في المستشفيات الحكومية
- عدم الإهتمام الكافي من قبل كليات الصيدلة بالتركيز علي تدريس و تدريب الطلبة علي هذه العلوم و المهارات العملية المتعلقة بها.
- إنصراف الكثير من الصيادلة إلي الصيدليات الخاصة أو شركات الأدوية طمعاً في المكسب المادي السريع.
- عدم وجود المقابل المادي المناسب الذي يجب توافره ليميز من يعملون في الصيدلة الإكلينيكة عن غيرهم من الصيادلة تقديراً للوقت و الجهد المناسب الذي يبذلونه و المخاطر الأكبر التي يتعرضون لها خلال عملهم.( و هنا تظهر مرة أخري اللوائح و القوانين البيروقراطية التي تعوق التقدم في هذا المجال.)
و علي الرغم من كثرة هذه المعوقات فإن التغيير ممكن و قد حدث بالفعل في العديد من الدول المتقدمة في هذا المجال و بدأ يحدث كذلك في بعض المواقع القليلة علي أرض مصر و في مستشفياتها.